Este projeto visa aplicar a tecnologia de marcadores moleculares em diversos estudos (sub-projetos) para  fins de:

Sub-projeto 1: Caracterização do perfil genético de cultivares de propagação vegetativa e de importância agronômica: O Centro de Cana possui um sistema de identidade genética de genótipos de cana-de-açúcar por análise de fingerprint molecular, o qual utiliza da tecnologia dos marcadores moleculares. Este sistema conta com um banco de DNA e de perfil genético das principais cultivares de cana-de-açúcar plantadas no Brasil. É importante salientar que o abastecimento do banco de DNA e de perfil genético é efetuado de forma constante, visto que novas cultivares de cana são lançadas quase que anualmente. Incluí-se também, as ações de caracterização dos acessos do Banco ativo de germoplasma do Programa Cana IAC.

Sub-projeto 2: Desenvolvimento de painel para utilização em  estudos de mapeamento genético (Associativo): Enquadra-se neste sub-projeto a caracterização fenotípica quanto a resposta de genótipos de cana-de-açúcar à resistencia as doenças (Mosaico, Amarelinho, Ferrugem marrom) bem como a avaliação dos parâmetros de qualidade (Pol e Fibra). 

Sub-projeto 3: Identificação de marcadores associados à resistencia as doenças (mosaico, amarelinho, ferrugem marrom) como também aos parâmetros de qualidade Pol e fibra, na cultura da cana-de-açúcar.  A caracterização quanto à resistência ao Mosaico (SCMV) e ao amarelinho da cana-de-açúcar (SCYL) tem combinado a utilização de teste de diagnóstico para quantificação da carga viral (RT-qPCR) com a fenotipagem quanto a severidade da doença em parceria com o Instituto Biológico/SP na área de virologia vegetal.