O Sistema de Gestão de Pesquisa (SGP/APTA) foi inicialmente implantado em 2015, nos seis Institutos de Pesquisa e nos quatorze Pólos Regionais da APTA, visando o enquadramento e unificação dos projetos de pesquisa.

Seu objetivo principal é de propiciar agilidade, segurança e estabilidade na gestão das informações, em ambiente web, de todas as pesquisas em desenvolvimento nesta Agência, que em dezembro de 2016 contabilizava 837 projetos cadastrados. O Sistema de Gestão de Pesquisa possue interface com a base de dados disponível no Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) do Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI), caso do Currículo Lattes.

Este sistema facilita o acesso e gestão das informações dos projetos de pesquisa da APTA, uma vez que pode ser usado em qualquer dispositivo conectado à Internet, de qualquer lugar do mundo.

Os pesquisadores conseguem acompanhar todo o processo de aprovação das propostas de projeto, fazendo alterações e ajustes quando necessário, de forma simples. Quando os ajustes são feitos, a hierarquia responsável pela aprovação do projeto é avisada imediatamente. Isso garante grande agilidade na aprovação de novas propostas e faz com que o trabalho burocrático seja simplificado ao máximo.