As doenças respiratórias estão associadas na avicultura a grandes perdas econômicas em todo o mundo, sendo as enfermidades virais reconhecidas como o maior desafio da avicultura moderna, devido ao fato de apresentarem altas taxas de transmissão e, assim, importância sócio-econômica e relevância em tratados internacionais no comércio de animais e produtos (SHANKAR, 2008; ROUSSAN, HADDAD & KHAWALDEH, 2008).

IA, DN e LTI são enfermidades importantes sob o ponto de vista econômico, devido aos prejuízos ocasionados à produção avícola e às restrições comerciais que podem ser impostas aos países que apresentam estas doenças (SWAYNE, SUAREZ & SIMS, 2013).

É necessário gerar informações epidemiológicas relacionadas com as populações de aves de subsistência, especialmente nas propriedades localizadas em torno de granjas avícolas, uma vez que a capacidade de transmissão de patógenos varia de acordo com a susceptibilidade do hospedeiro, sinais clínicos, taxa de transmissão e as características de interação entre aves domésticas e silvestres (BROWN et al., 2009; WOODFORD, 2009).

O Programa Nacional de Sanidade Avícola, criado em 1994 pelo Ministério da

Agricultura, Pecuária e Abastecimento (MAPA), foi um marco em relação ao controle de enfermidades consideradas emergenciais, trazendo uma legislação importante para toda a avicultura brasileira, com a realização do controle de enfermidades, que incluem Influenza aviária (IA), Doença de Newcastle (ND) e Laringotraqueíte infecciosa das galinhas (LTI) (BRASIL, 1994a).

A adoção de ações de vigilância sanitária associadas ao diagnóstico laboratorial rápido e preciso são primordiais para realizar o monitoramento de Influenza aviária, da doença de Newcastle e da Laringotraqueíte infecciosa das galinhas nas criações de aves comerciais e de subsistência, de modo a controlar possíveis surtos destas enfermidades no Brasil.

A caracterização dos genomas virais pode ser realizada pela técnica de sequenciamento de alto desempenho, também conhecido como NGS, é uma ferramenta que permite o sequenciamento de várias estirpes virais em um período curto de tempo e com custo de 15 a 20 vezes mais baixo que o método Sanger (DIMITROV et al., 2017).

Além disto, com o sequenciamento completo dos agentes circulantes é possível realizar análises filogenéticas entre todos os genes. Esta potente ferramenta pode ser utilizada para investigar a possível origem e transmissão dos vírus em um surto destas doenças notificáveis (LEE et al., 2017).

Este estudo propõe adotar a técnica de NGS, com a finalidade de realizar a diferenciação de estirpes de campo e vacinais, no caso da detecção de amostras positivas para VDN e LTI, devido a utilização de vacinas para o controle dessas enfermidades no país. Desta forma, serão gerados dados epidemiológicos referentes à circulação das estirpes virais desses patógenos.

Objetivos:

Específicos

A. Padronizar as técnicas moleculares para detecção e caracterização molecular dos vírus de IA e DN, a partir das amostras coletadas de aves de susbsistência, no noroeste do estado de São Paulo.

B. Padronizar as técnicas moleculares para detecção e caracterização molecular do vírus de LTI, a partir das amostras coletadas em granjas de postura comercial localizadas na região de Bastos e Guatarapá.

C. Detecção da presença do vírus de Influenza aviária (IA) e do vírus da Doença de Newcastle (VDN) em propriedades que contenham aves de subsistência, no raio de 1 km de distância de granjas de reprodutoras, localizadas em municípios do noroeste do estado de São Paulo.

D. Realizar a diferenciação entre as estirpes vacinais e de campo do vírus da VDN, uma vez que possa haver uma possível circulação de estirpes vacinais nas aves de subsistência localizadas próximas de granjas de reprodutoras, devido a utilização de vacinas contra a VDN nas reprodutoras comerciais localizadas na região deste estudo.

E. Realizar a diferenciação entre as estirpes vacinais e de campo do vírus da LTI, uma vez que possa haver uma possível circulação de estirpes vacinais nas aves de postura comercial devido a utilização de vacinas contra a LTI nos bolsões localizados em Bastos e Guatapará.

F. Realizar o sequenciamento através da técnica de NGS, com a finalidade de gerar dados epidemiológicos relevantes sobre as enfermidades virais de controle oficial no estado de São Paulo (IA, VDN e LTI).